La Constitución Nacional aprobada durante el congreso de la Villa del Rosario de Cúcuta el 30 de agosto de 1820, creó dentro de un solo ente administrativo, la Secretaría de Marina y de Guerra, bajo la dirección del general Pedro Briceño Méndez. En 1825 el Congreso de la República, estipuló las funciones de la Secretaría de Guerra, enfocadas a orientar las guarniciones generales en Bogotá y las provincias en los aspectos atinentes a presupuesto general, efectivos, régimen administrativo, ubicación de cuarteles y puestos de campaña, organización de las armas, funcionamiento de las escuelas técnicas, reglamentación interna, ascensos y distinciones militares, régimen salarial y avituallamiento.

Las sucesivas crisis internas políticas del siglo XIX, incidieron en la denominación y funciones de la Secretaría de Guerra que pese a los vaivenes partidistas permaneció vigente hasta 1886, cuando recibió el nombre de Ministerio de Guerra comenzó su funcionamiento dividido en cinco departamentos y tres secciones integradas por la Secretaría General, el Estado Mayor del Ejército, la Inspección General del Ejército, la Comisaría General de Guerra, la oficina de administración de material de guerra y las secciones de personal, justicia y culto.

En 1965, por iniciativa del General Gabriel Rebeíz Pizarro se cambió el nombre por el de Ministerio de Defensa y seis años mas tarde se crearon los organismos descentralizados adscritos o vinculados al ramo. En 1992, el presidente Cesar Gaviria Trujillo dispuso la creación del Viceministerio de Defensa y la Superintendencia de Vigilancia y Seguridad Privada. Finalmente, mediante el decreto 1512 de 2000 se modifica la estructura del Ministerio de Defensa Nacional con miras a enfrentar los retos del nuevo milenio.